Spectre está de vuelta una vez más en el tercer juego principal de la serie Ape Escape. Con la ayuda de un científico humano llamado Doctor Tomoki, Spectre ha soltado a los monos en la televisión. Incluso los héroes anteriores de la serie, Jimmy, Spike y el profesor, están todos atrapados en los insidiosos programas de televisión.
Kei y Yumi toman la iniciativa como los nuevos héroes. Su misión es capturar a los 400 monos. Tú controlas a Kei o a Yumi. El juego implica el uso de varios métodos y armas para atraparlos a todos. El juego tiene muchos niveles con diferentes temas, como un castillo embrujado, un nivel de carreras, escenarios de jungla, estudios de televisión y otros escenarios. Puede ralentizar a los animales con varios objetos, como un palo de aturdimiento o un tirador de correa, y luego puede capturarlos con una red.
Nuevas en la serie son las habilidades de transformación, ocho en total. Puedes transformarte en varios personajes, como un caballero y realizar un poderoso ataque o un pistolero y dispararles o un ninja y correr a lo largo de las paredes. También puedes vehículos como un coche de carreras para derribar a los monos. Otras características son la familiar Monkeypedia y el minijuego desbloqueable Mesal Gear Solid (una parodia de Metal Gear Solid).