Kaena se basa en la película francesa de gráficos por computadora Kaena: La Prophétie (Kaena: The Prophecy), que se estrenó en Europa en 2003.
Kaena es una niña que vive en un planeta alienígena llamado Astria. En medio del planeta se encuentra un árbol gigante llamado Axis, y su savia es vital para los habitantes del planeta. Últimamente, la savia se ha estado agotando rápidamente por una razón desconocida. Kaena ve un sueño en el que Axis la llama para una misión importante. La gente del pueblo no le cree, pero Kaena decide firmemente aventurarse dentro de Axis y averiguar qué está pasando. Otro motivo que mueve a Kaena es la desaparición de Essy, el hermano de nueve años de su mejor amiga.
El juego tiene muchos combates con varios monstruos alienígenas. Atacas a los enemigos en tiempo real con tus armas y también puedes realizar combos más fuertes presionando varios botones seguidos. Una vez derrotados, los enemigos sueltan al azar pequeñas esferas de tres tipos diferentes. El primer tipo se usa para mejorar el arma de Kaena y hacerla más poderosa, el segundo aumenta su medidor de locura (cuando está lleno, puede realizar un ataque particularmente fuerte), el tercero la cura. El juego tiene una cámara estática con fondos renderizados previamente y controles basados en personajes (similares a los implementados en los juegos de terror de supervivencia).