Klonoa, nuestro héroe de orejas caídas, junto con sus dos amigos recién encontrados, Lolo y Popka, tienen que frustrar una fuerza siniestra que está provocando un lodazal de tristeza que plaga la tierra de Lunatea. Al hacer sonar las cuatro campanas por toda la tierra, Klonoa puede restablecer la armonía, pero la pirata del cielo Leorina la persigue tras el anillo mágico de Klonoa...
Klonoa 2: Lunatea's Veiles un juego de plataformas de desplazamiento lateral en 3D. El objetivo principal del juego es llegar al final de cada nivel (o 'Visión'), pero también hay objetivos especiales que alcanzar. En primer lugar, cada Visión contiene seis Momett Dolls escondidas en cada nivel. En segundo lugar, hay Dream Stones esparcidos por cada nivel: los verdes valen uno, mientras que los azules valen cinco. Ciertos acertijos también contienen un uso engañoso del "Espíritu del Sueño", que duplica el valor de todas las Piedras del Sueño recolectadas. Lo nuevo en Klonoa 2 son las secciones de hoverboard, que se juegan a un ritmo más rápido y más orientado a la acción.
Pero lo que hace único a Klonoa son sus habilidades. Klonoa puede disparar una 'bala de viento' a los enemigos, lo que los infla y permite que Klonoa los lleve. Luego, Klonoa puede lanzarlos directamente a los enemigos o saltar con ellos, lo que le da un impulso adicional. Si necesita más longitud para su salto, mantener presionado el botón de salto también le permitirá flotar un poco más. Diferentes enemigos tienen diferentes efectos; por ejemplo, algunos enemigos tienen hélices en la cabeza y te lanzarán al cielo, mientras que otros actuarán como bombas de tiempo y explotarán después de un rato.