Mario & Luigi: Paper Jam es el quinto juego de la serie Mario & Luigi en el que Luigi estaba limpiando el ático de la princesa Peach un día y accidentalmente tira un libro que contiene todo el universo de Paper Mario. Esto libera personajes y enemigos familiares de Paper Mario en el mundo 3D. Bowser y Paper Bowser combinan sus fuerzas en un intento de hacerse cargo del Reino Champiñón para siempre. ¡Mario, Luigi y Paper Mario deben unirse para detener a dos Bowsers!
Aunque el juego tiene batallas por turnos, los comandos de los botones se pueden presionar durante la batalla para aumentar tu ataque, defensa y contraataque. Esto crea la sensación de un sistema de batalla más interactivo en comparación con otros juegos del género de rol. La incorporación de Paper Mario aporta nuevas tácticas a la fórmula habitual de Mario & Luigi al poder copiarse a sí mismo con fines tanto defensivos como ofensivos. También nuevos en la serie son los movimientos Trio. En la batalla, los movimientos de trío se pueden usar para devastar a tu oponente. Fuera de la batalla, le permiten a tu grupo excavar bajo tierra, agarrar objetos distantes, volar a través de brechas y más.