Mega Man Battle Network 5: Double Team DS es un puerto ligeramente mejorado de ambas versiones de Mega Man Battle Network 5 ( Team Protoman y Team Colonel ) para Nintendo DS. Después de seleccionar su versión del juego, los jugadores viajan a través del Universo de Battle Network con Lan y su Net Navi, Mega Man, mientras exploran el mundo real e Internet, mientras intentan descubrir el paradero de una 'Dark Chip Factory', que es siendo utilizado para corromper a Navis inocentes.
El juego tiene lugar en una perspectiva isométrica, y los jugadores pueden explorar el supramundo como Lan, donde pueden comprar artículos, comunicarse con la gente y encontrar lugares para "conectarse" a Internet. Una vez en Internet, los jugadores toman el control de Mega Man, donde lo usan para realizar las mismas tareas que Lan. Sin embargo, Internet también está plagado de virus que Mega Man encontrará al azar. Al entrar en batalla, Mega Man puede usar 'chips de batalla' para potenciarse y causar más daño, así como disparar y esquivar los ataques de los oponentes en tiempo real.
Double Team DS también presenta un uso mínimo de las funciones de Nintendo DS: los jugadores pueden gritar al micrófono durante la batalla para 'animar' a Mega Man y encenderlo, y los menús ahora son más fáciles de navegar por medio de la pantalla táctil.