Una organización llamada "Amadeus" quiere apoderarse de todas las computadoras militares del mundo utilizando un nuevo virus que han creado. Tu misión es destruirlos antes de que logren su malvada ambición.
El quinto episodio (que incluye Metal Slug X) de la serie de disparos arcade más famosa llega con el juego clásico inalterado, un nuevo brazo (ametralladora doble), 6 vehículos nuevos (motocicleta, camión, tanque Bradley, tanque de cuervos metálicos, cuatro Legged Walkmachine y Forklift Truck), así como 2 nuevos soldados para el panteón (Nadia Cassel y Trevor Spacey).
La introducción más notable a la serie es el Sistema Metalish, que le brinda al jugador una nueva posibilidad de sumar más puntos: después de recoger ciertos emblemas en forma de escudo, se mostrará una barra de tiempo en la parte superior de la pantalla. Durante este tiempo, debes disparar rápidamente a la mayor cantidad de enemigos posible y, dependiendo de tu actuación, recibirás una bonificación de insignia correspondiente que se agregará a tu puntaje después de completarla. Pero, si mueres durante la misión, la bonificación se perderá.