Metoid: Other M sigue los lanzamientos recientes de la consola de juegos Metroid al ser desarrollado, como la trilogía Metroid Prime, por un estudio fuera de Nintendo. Esta vez, en lugar de ser entregado a lo que, en ese momento, era un estudio novato, Metriod: Other M ha sido desarrollado por el desarrollador veterano Team Ninja, notable por Dead or Alive y la serie Ninja Gaiden.
Other M tiene lugar, cronológicamente, después de los eventos de Super Metroid y antes de los eventos de Metroid Fusion. Después de una introducción de recuperación y un recuento cinematográfico de los momentos finales de Super Metroid, el juego comienza con Samus interceptando e investigando una llamada de socorro. La llamada proviene de una estación espacial (muy parecida a Metroid Fusion) que está en problemas. Samus se encuentra con su antiguo comandante militar, Adam Malkovich, y se une a su equipo de soldados de la Federación para investigar la estación en peligro. Según la historia del juego, se considera en gran medida que Samus ya tiene muchas de las habilidades de su traje (como misiles y bombas) intactas, pero no las usa hasta que Adam le da la autorización.
El juego presenta un regreso a la jugabilidad de desplazamiento lateral de los juegos clásicos de Metroid en 2-D, pero en una forma híbrida que también incluye segmentos de disparos en primera persona (utilizados simplemente apuntando el Wii Remote a la televisión) e incluso juegos en tercera persona. Segmentos “sobre el hombro” para habitaciones muy pequeñas. Por lo general, apuntar a los enemigos es solo una cuestión de apuntar en la dirección correcta, y los disparos específicos son automáticos en el modo 2-D. En el modo de primera persona, Samus puede bloquear a los enemigos para disparar misiles. The Morph Ball regresa, como se esperaba, y funciona de manera similar a los títulos populares de Metroid Prime, con la cámara muy cerca en entornos reducidos. La vista en tercera persona por encima del hombro se usa principalmente para explorar habitaciones pequeñas y no para combatir. El juego se juega usando solo el Wii Remote sin el accesorio Nun-chuck.
Como un elemento básico de la serie, Samus puede volver a construir sus armamentos y armas al recolectar elementos encontrados al explorar el juego. Esto se suma al dispositivo de la trama de que ella no usa nada hasta que se le autorice.
Una novedad en la franquicia es un amplio uso de escenas cinematográficas, que se utilizan para contar la historia de fondo de Samus, su pasado con Adam Malkovich y su antigua asociación militar. Además, algo raro en un título de Nintendo, es un amplio diálogo hablado del personaje del título, tanto en cinemáticas como en secuencias de la historia, así como monólogos que detallan las percepciones y sentimientos de Samus a lo largo de la historia.
Por primera vez, la agilidad general de Samus Aran está más en línea con su forma de Super Smash Bros que la mayoría de los títulos anteriores de Metroid y su catálogo de combate ahora incluye movimientos finales, esquivas y ataques de agarre. Todos los nuevos movimientos están diseñados en torno a la simplicidad y la velocidad, a veces funcionan automáticamente si se mantiene presionado el botón derecho, y el combate del juego tiene la intensa sensación de arcade de los títulos más recientes de Ninja Gaiden de Team Ninja.
Las copias reservadas del juego venían con un "Art Folio" que contenía dieciséis cartas con ilustraciones del juego, con descripciones impresas en el reverso. Las tarjetas son aproximadamente del mismo tamaño y forma que una caja de DVD.