In Mouse Trophy es un juego de rompecabezas en el que el jugador asume el papel de un criador que participa en el Campeonato Mundial de Criadores de Roedores. Allí, los roedores tienen que sobrevivir a los laberintos en el menor tiempo posible, por supuesto con la ayuda del jugador. Los roedores actúan de forma independiente, el jugador puede resolver los acertijos cambiando partes del laberinto, por ejemplo, abriendo puertas. También puede interactuar con ellos directamente sosteniéndolos o usando dispositivos como descargas eléctricas. Estos dispositivos son limitados y deben ser encontrados por los roedores en el laberinto.
El jugador tiene que manejar hasta cinco roedores a la vez. Después de las victorias, obtienen puntos de experiencia y se vuelven más inteligentes para que el jugador no tenga que guiarlos a través de cada obstáculo fácil. En general, hay 15 roedores para elegir, por ejemplo, un ratón o una ardilla, y 50 trampas y accesorios y 30 laberintos.