Diez años después de que el espadachín solitario, Samanosuke, se rebelara contra un ejército de guerreros demoníacos, la malvada campaña de Nobunaga continúa causando estragos en el Japón feudal. Un joven guerrero, Jubei, regresa a casa y encuentra su remota y vibrante aldea en ruinas, destruida por los secuaces de Nobunaga. Con la venganza en su corazón, Jubei se lanza a una búsqueda épica y mágica que revelará su destino final.
Al igual que Samanoske antes que él, Jubei puede absorber las almas de los monstruos derrotados para fortalecer sus armas y armaduras. Los monstruos pueden ser derrotados atacándolos hasta que su salud se agote, o golpeándolos en el mismo instante antes de que golpeen a Jubei. Esto hará que Jubei realice un ataque Issen que destruya de un solo golpe. Jubei puede encontrar o comprar tesoros en la primera mitad del juego y dárselos a los compañeros que conoce, haciéndose amigo de ellos. Según con quién se haga amigo Jubei, los eventos del juego cambiarán.