Yuri Hyuga es un joven armonizador: un hombre que posee el poder de transformarse en demonios. Conoce a Alice Elliot, una joven británica cuyo padre fue brutalmente asesinado y que es perseguida por un misterioso brujo que se hace llamar Roger Bacon. Yuri y Alice viajan por la China de antes de la guerra, lidiando con demonios, magos malvados y el ejército de ocupación japonés. El viaje finalmente los llevará a ellos y a sus amigos a Europa, donde tendrán que enfrentarse a su enemigo máximo, pero también descubrir la verdad sobre su propio pasado.
Shadow Hearts es un juego de rol de estilo japonés ambientado en un período histórico (China y Europa de 1913, un año antes de la Primera Guerra Mundial) con muchos elementos sobrenaturales mezclados. El juego comparte rasgos estilísticos y relacionados con la trama con Koudelka . del que puede considerarse una secuela. El jugador navega con un grupo de personajes (hasta tres combatientes activos) sobre fondos pre-renderizados. El combate con enemigos normales se produce de forma aleatoria. Durante las batallas, los personajes usan ataques regulares o lanzan hechizos. Además de los puntos normales de salud (HP) y mágicos (MP), cada personaje también tiene una barra especial de SP ("puntos de cordura"). La barra de cordura se agota gradualmente en combate; Cuando los personajes se quedan sin SP, se vuelven locos y, por lo tanto, incontrolables, hasta que recuperan su cordura con elementos.
El juego implementa el estilo de combate tradicional por turnos para las batallas, agregándole una característica llamada Judgement Ring. Cada vez que un personaje realiza un ataque, aparece un anillo con una flecha giratoria en la parte superior de la pantalla. Si el jugador detiene la flecha cuando está sobre un área crítica del ring, el ataque será más poderoso. Sin embargo, si no alcanzas el área de impacto más grande, el ataque se cancelará por completo. Varios tipos de ataques tienen anillos de distinta dificultad; Por lo general, cuanto más poderoso es un hechizo, menor es el área de impacto en el ring. El Anillo del Juicio también se utiliza para otros fines; Puede ayudar al jugador a reducir los precios en las tiendas y es necesario para resolver varios acertijos.
Todos los personajes, excepto Yuri, aprenden nuevas habilidades automáticamente al subir de nivel. Debido a sus habilidades de fusión de demonios, Yuri puede recolectar energía del alma y usarla para adquirir varias formas de fusión. Cuando Yuri se transforma en un demonio, adquiere habilidades únicas y continúa luchando con el grupo como un personaje controlable. También tiene que viajar a un cementerio en su propio reino mental de vez en cuando, para enfrentar sus propios demonios internos y limpiar la Malicia, la energía vengativa negativa que el grupo acumula al matar enemigos.