En esta versión de Sonic Unleashed , Eggman logra derrotar a Sonic, usando el tremendo poder de las Chaos Emeralds para atraparlo. La pura fuerza del ataque también había roto el planeta en pedazos y liberado a la misteriosa criatura oscura llamada Dark Gaia desde las profundidades. Eggman luego deja a Sonic atrapado en el planeta roto, junto con las Chaos Emeralds ahora agotadas. Ahora depende de Sonic recuperar y recargar las Chaos Emeralds agotadas, salvar el planeta, recuperar Dark Gaia y derrotar a Eggman para siempre.
El juego presenta niveles diurnos, que se enfocan en la velocidad de sobremarcha de Sonic, y niveles nocturnos, que están más enfocados en el combate, ya que Sonic se transforma en una bestia Werehog de aspecto temible pero poderosa, como efecto secundario del ataque Chaos Emerald que tenía. sufrio de.
Las versiones de PS2 y Wii presentan una combinación de niveles casi completamente nueva, así como un motor de juego diferente.