El mundo está muriendo. El país de Solum está rodeado de una niebla venenosa. Esta niebla devora todo a su paso, y poco a poco avanza hacia los pocos pueblos y aldeas que quedan, a punto de consumir al resto de la humanidad. La principal religión de este mundo, Aeque, predica que ésta es la voluntad de Dios, y que los seres humanos no deben resistirse y permitirse extinguirse. Pero un movimiento rebelde clandestino está intentando disipar la niebla con una estructura mágica llamada Puerta de la Eternidad. Spero, el joven protagonista del juego, debe encontrar su lugar en medio del conflicto entre el Imperio al que sirve y los rebeldes.
Stella Deus es un juego de rol táctico. Comandas a tus unidades moviéndolas por la vista de batalla isométrica. Cada acción, ya sea movimiento, ataque físico o hechizo mágico, requiere puntos de acción (AP). Después de las batallas, tus personajes ganan niveles y obtienen nuevas habilidades. Fuera de la batalla, puedes enfrentarte a la enorme mazmorra opcional, Catacomb of Trials, y acceder a las ciudades a través del menú. En las ciudades puedes fusionar elementos para obtener otros más poderosos y recibir misiones secundarias que en su mayoría implican ir a un lugar determinado en el mapa y participar en una batalla allí.