Tenchu: Fatal Shadows es un juego en el que juegas como una de las dos kunoichi (ninjas femeninas), tratando de completar misiones. La idea principal del juego es usar el sigilo y ser astuto para completar tu objetivo.
La historia está ambientada en la Edad Media japonesa. Ayame es una ninja que trabaja para un señor feudal. Enviada a una misión en un pueblo destruido, conoce a Rin, quien cree que Ayame destruyó su pueblo.
El lanzamiento de PSP agrega una pantalla panorámica de 16: 9 y un puñado de nuevos disfraces para cada personaje.